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清军入关后，顺治时期便开始大肆开凿中运河，到了现在也彻底结束了借黄河行运的时代，并建成黄、淮、运交汇枢纽，缓和河面比降，减轻浊流灌运，改善了漕运条件。总督漕运部院衙门漕运方法基本承明制，但又多了几个名目：正兑米，运京仓粮，定额三百三十万石；改兑米，运通州仓粮，定额七十万石；改征，将漕粮改征为其他品种；折征，将漕粮折算成银，价银统归地丁项内，上报户部。
除此之外，清廷又实行截漕（也就是各地漕粮起运后，地方遇灾，截留部分作为赈济，或截一地漕粮运往另一地）和拨运（主要指截留山东、河南所运蓟州漕粮，拨充陵寝及驻防兵米）等措施。漕船数与编制和明代稍稍有一点不同，一般以府、州为单位，十人一船，十船一帮，十船互保。总数由一万零四百五十五只升为一万四千五百只，而实际运于漕运的仅七千只左右。每船装运量不得超过五百石，另外还可以装当地的土产往返于各口岸行销。
也就在康熙登基之后，清廷最终开始实行官收官运制度，承运者是卫所军籍中较殷实的军丁（运丁）。发运时每船配运军一名，运副一名，雇募水手九至十名。各省运军水手多少不等，总数在十万名左右。漕运最高长官为漕运总督，驻守淮安。其下为各省粮道，共七人，掌本省粮储，辖所属军卫，遴选领运随帮官员，责成各府会齐、佥选运军等；坐守水次，监督、验明漕粮兑换，面交押运官，并随船督行到淮安，呈报总督盘验。
押运，原为粮道之责，后选管粮通判一人，专门负责督押，约束运军，后因官卑职微，仍由粮道押运。领运官，由千总一人或二人领运，武举人一名随帮效力。为确保漕运无误，于淮安、济宁、天津、通州运河沿线设置巡漕御史，稽察本段漕运。此外，淮安淮北沿河置有镇道将领，以催促入境漕船前行；在镇江与瓜州的南漕枢纽处，由镇江道催促，同时由总兵官（后改为副将）巡视河岸，协同督促漕船过江。
只是现在，漕运源头被马尾军掌控，那么京城每年所需的三百万石粮食便没有了着落。有道是粮饷粮饷，粮在饷之前，没有粮食，就算给再多的银钱那也算没用的，毕竟银子也不能当饭吃不是。
“又是前线作战不利，朕就不信我大清兵马几近是吴三桂的一倍，居然不能将其打败！当年前明的兵马是我八旗军的七八倍有余，不照样被我大清打的狼奔豸突，现在这是怎么了？难道真的要朕成为第二个崇祯？”康熙刚看了桌上的两本奏折，本就不好的心情变得更坏，一水的坏消息，心情能好起来就怪了。
“臣等该死！”索额图与明珠等听到这话立即跪了下去，当年的崇祯他们可是清楚的很，那崇祯皇帝不少不勤政，明亡了，虽然也有皇帝的责任，但是更多的还是大臣无用。就像是崇祯自己说的，“君非亡国之君,臣皆亡国之臣！”现在康熙说出这句话，那不是指他们都是亡国之臣吗，一个个心里虽然很不舒服，但是这个时候第一反应还是跪下请罪啊。
“陛下，保重龙体要紧啊！”明珠率先开口道。“战局一时不利，并不是将士们不用心。这战争打的不仅仅是兵马，更多的还是钱粮！臣想，那吴三桂现在多半也已经是快要坚持不下去了，要不了多久安亲王便能一举突破岳阳，杀败吴三桂。但是当前要紧的是要将金陵给收回来，耿逆已然壮大，不能再忽视，臣觉得，凭安亲王派去的五万大军加上周培公的三万兵马还不够，还请皇上下旨调集河南、山东的剩余兵马前去增援，务必一举功成。”
“现下派去的兵马还少吗？加上原先在安徽的兵马总数就超过了十万。十万人若是连耿逆的两三万步卒也打不过，我大清还能有什么指望？”康熙愤怒的吼道。
“皇上说的是，只是臣听到消息，说是金陵城根本就不少马尾军的陆军打下来的，而是马尾海军下来了万余兵马只一天就攻破 了城门，因此，将马尾海军也算上的话，可就不止三两万人马了。那可是五万余大军。更何况长江天堑，江面上朝廷的水师却是还无法与耿逆的马尾海军抗衡，因此，大军的数量必须还要增加以求稳妥，还请皇上三思。”明珠依旧坚持自己的看法，他们作为清廷的重臣，与清廷乃是一荣俱荣一损俱损，清廷亡了他们也要完蛋，因此这时候可不是有所保留的时候。
康熙也冷静了一些，明珠的话也不无道理。马尾海军的确是相当的强悍，江宁水师都被完全消灭，那么鄱阳湖水师就更不会是马尾军的对手，若是将鄱阳湖水师开赴长江下游与马尾海军大战，那么最终也只能是覆没一途。“爱卿所言有理，那就按你说的办。不过，马尾军强在水师，我们的确不能与之硬拼，让岳乐安排船只，载大军过江，然后就直扑金陵城，给朕消灭耿逆叛军！”
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