在罗氏家众将的勇猛表现下，历经一个多月，甲斐亲直的大军一路行进，一路将沿路的阻挡势力连根拔起。
天文十六年（一五四七），九月，正是秋收之际，甲斐亲直的大军也杀到了苇北郡最后一座重镇水俣城下。
在甲斐亲直大军到来之前，为了加强水俣城的防守，守城大将犬童赖安几乎将周边所有的势力都召集到了水俣城中。此时的水俣城集中了近一千人的守城大军，而甲斐亲直的大军则是有四千余人。
而趁着犬童赖安将萨肥边境的守兵都调往了水俣城中之时，此前一直在水俣城附近负责牵制犬童赖安的守城大军的阿苏惟前则是乘机夺取了把控着从苇北郡进出萨摩出水郡的小城砦中尾城。
掌控了这座城砦，不但可以提前预警对面出水郡岛津家的入侵，更加与甲斐亲直的大军形成对水俣城的前后夹击之势。
两军对垒，立即就展开了激烈的笼城战。在连续数日攻城未果后，甲斐亲直果断改变了攻城策略，他暂停了攻城战，改为派人将水俣城附近所有的势力先行拔除掉，同时将城中的守兵的家人驱赶到水俣城下，每日在城下高声劝降城中的亲人。
期间双方又经历了数场激烈的笼城战，但是依然未能分出高下，城中的人未能击退城外的人，城外的人也未能攻克水俣城。
激战持续了数月，眼看就要进入年底。甲斐亲直按照与政良的约定，暗中通过已经彻底控制了八代海罗氏家水军运来了大量罗氏家的专有攻城兵器，准备一举拿下水俣城。
此前之所以没有立即使用这些攻城兵器，一是城中守兵士气正旺，即便使用这些兵器强行攻城，估计伤亡也会很惨重。
二是，政良希望通过这场战争锻炼一下新组建的第七常备足轻番队。虽然这个番队同样是采用以老带新的办法，从其他各个番队里抽取一部分的老兵进入新番队担任组头，以此来促使新兵迅速成长起来，但番队中的新兵毕竟还是占据了大部分的，正好利用这一次南肥后之战锻炼一番。
三是，甲斐亲直有意利用攻城战将当地投诚的豪族地头的势力削弱一番。这也是得到了政良的首肯的。只是现在眼看就要进入冬季了，天气逐渐转冷，是很不利于作战的，所以无论甲斐亲直还是政良都希望尽快结束战事了。
而此时的城内守兵，实际上也是士气大降了。主要是因为眼看了就要进入冬季，要是对方还赖在城外不退军的话，他们明年的春耕就要泡汤了。要知道，因为战争的关系，他们已经错过了今年的秋收了，要是再错过明年的春耕，到时候就算城外的大军退走，他们也要准备在明年吃西北风去了。
就在甲斐亲直磨刀霍霍准备发动对水俣城的总攻之时，一个神秘人却拿着政良的亲笔命令进入了甲斐亲直的军营中。稍作停留后，他又前往了水俣城下，得到了进入水俣城的机会。
两日后，水俣城城门打开，坚守了数月的水俣城，终于在守城大将犬童赖安的决定下，献城投降。这可谓是皆大欢喜的结局了。
而此次负责劝降的这个神秘人，正是原相良家的家臣上村长重。此前他的兄长上村赖兴企图毒杀他，正是被暗中保护他的罗氏家忍者所救的。在得知相良义滋死在鹰峰城后，他就成为了罗氏家的家臣了。在前来水俣城之前，他一直在八代郡、球磨郡罗氏家的占领区域内协助罗氏家内政阁接收领地。
当他得知水俣城的情况后，立即就向政良提出了前往劝降的请求。毕竟水俣城中的犬童赖安也算得上是他的至交了，他不可能眼睁睁地看着犬童赖安被杀的。于是才有了犬童赖安后来献城投降。
随着水俣城的陷落，整个南肥后就只剩下东球磨郡这一块地方没被攻克了。只是，此时东球磨郡已经结成了一个对抗甲斐亲直大军的联盟，甚至还拉拢了大隅国的北原家以及日向的伊东家作为靠山，再加上军势连续作战大半年后，已经逐显疲倦了，天气又开始变的寒冷，不利于大军作战，最终政良只得暂时放弃了继续攻略东球磨郡的打算，准备留待下一年再作了断。
趁着这段停战时间，政良再次对有关番队的驻地进行了变更。
甲斐亲直、高坂昌信、吉川兴经、上村本纲所统领的第七常备足轻番队，驻地为南肥后，具体分工为，甲斐亲直、吉川兴经带领二百个常备驻守八代郡的高塚城；高坂昌信带领二百个常备驻守苇北郡的水俣城，同时分兵把守与萨摩出水郡出水城接壤的中尾城以及与出水郡大口城接壤的鬼山城；上村本纲带领一百个常备以及一部分临时征募的农兵负责把守人吉城。
水军第三常备番队，总驻地改为南肥后八代郡球磨川出海口附近的八代城，除此地之外，番队将分出数个小队，分别驻扎在宇南肥前高原郡的深江城、天草郡的栖本城以及志岐城、久玉城，主要守护区域是有明海、岛原湾、橘湾、天草滩以及八代海，防备来自海上的威胁，尤其是岛原湾对面肥后各豪族以及八代海、萨摩海域的海上威胁，同时负责向途径本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
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