SEELE的十五名高层，除了在被捕时自杀的那些之外，其他人全部上军事法庭，并且以“反人类罪”的名义判处死刑。与此同时，国联也正式将这部分信息昭告天下，同时开启了对SEELE组织成员的全面抓捕行动————方正早就利用《嗫告篇帜》把名单做好了，从上到下一个不落。
这个世界接下来该如何发展，还是要靠他们自己。
至于方正这边嘛……………
在失去了九架EVA量产机后，伴随着SEELE的高层被逮捕，战自的作战也随即中止。这也算是让其他人都松了口气，毕竟他们可不想在这个地方和国家军队为敌。
但是这并不意味着没有秋后算账。
冬月耕造和赤木律子被逮捕了，他们是人类补完计划的实施者和帮手，国联自然不会放过这些人。NERV的设施被彻底封锁，所有工作人员都被强制解散。因为战自之前曾经在SEELE的蛊惑下对NERV发动袭击的行为，自然也是要付出代价。
于是在继旧东京之后，人畜无害小白兔作为国联的坚强后盾和帮助NERV没有被SEELE占领的功绩，得到了割让第三新东京市99年作为奖赏———嗯，这也算是方正和兔子之间心照不宣的秘密。
现在兔子这边已经开始了第三新东京市的重建工作，当然了，地下空间会被彻底填埋，NERV以及其他的一切也会被全部清理掉。这多少让NERV的工作人员有些不舍，不过………好歹没有上军事法庭，他们也算是心满意足了。
毕竟在得知SEELE居然就是引发第二次冲击的幕后黑手之后，NERV的大多数人同样被这个事实给雷的不轻。更不要说NERV居然还联合SEELE打算引发第三次冲击，毁灭人类？
妈耶，我们工作的地方居然这么危险的吗？
幸运的是，这些工作人员因为级别不高，因此大部分都被放过了，有些人选择了离开，有些人则选择留下，在这里重建第三新东京市。
“这样一来，一切都算是差不多结束了。”
站在地下大空洞里，抬起头来看着外面漆黑的星空，方正低声开口说道，接着他转过头去，望向身后的少男少女们。
“你们准备好了吗？”
“当然，我可早就准备好了，方正。”
听到方正的询问，明日香点了点头。
“你说的那个天道宫那么神，我倒真想看看，它究竟是个什么样的存在。”
“我也是。”
葛城美里这会也是盯视着方正，开口说道。
“我也想要看看，你说的话究竟是真的还是假的………毕竟，到现在为止，我还什么都没有看到呢。”
“你很快就会看到了。”
听到葛城美里的回答，方正微微一笑，接着他再次抬起头来。
“时间到了。”
就在方正话音落下的瞬间，忽然，众人就看见自己头顶上方的夜空猛然一阵扭曲，紧接着，一艘巨大无比的金属战舰忽然毫无声息的出现在了上方！
“哇啊！”
看着这艘忽然出现的巨大战舰，碇真嗣吓的腿一软，差点儿就坐倒在了地上，而葛城美里更是目瞪口呆，呆呆的站在那里，不知道该做什么才好。虽然她已经听方正说过，但是即便如此，即便葛城美里已经做好了各种各样的心理准备，在亲眼目睹这一幕时，她还是感到了无与伦比的震撼与惊讶。
很快，一束光影从上方射出，落在方正的身边，随后化为了一个身形娇小的舰娘。
“报告指挥官，守卫级明石号前来报道。”
“嗯，来得好，你应该已经知道任务了………石村号呢？”
“在这里，指挥官。”
忽然，一个声音从方正身后悄无声息的响起，这时众人才惊讶的发现自己身边不知道什么时候多出了一个诡异的黑长直女孩，这顿时也是把她们吓了一跳。
“你还是老样子神出鬼没的啊………”
看着身后仿佛幽灵般飘出来的石村号，方正倒是淡定。
“好了，开始搬迁工作吧………我们只有三个小时的时间。”
“明白。”
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