虽然大明也设过总督宣大、山西诸镇军务兼理粮饷的大员，不过那些职位历来都是文人官员担任，很多还是加有大学士衔的六部大员，如果黄来福的任命成真，那他将成为明末第一个以武人身居如此显赫高位者。
如果说仅仅让黄来福总督两镇军务，而不兼理粮饷的话，或许文官们的内心还会好受些，但万历皇帝让黄来福总督两镇军务的同时，还兼理两镇的粮饷，这就由不得他们强烈不满了。
眼下的大明，文官地位之所以远远居于武官之上，其中一个最重要的原因就是，他们控制着地方各镇卫所武将们的命脉——粮饷财政。如果如明初一样，大明的武将们在粮饷上大体都能自足，文官们自然没什么能实质控制武将的地方。
不可否认的，文官们的嗅觉是灵敏的，在万历皇帝诏拟黄来福总督两镇的消息一放出来，他们就想到了那可怕的前景，如果此例一开，武将们都能主理各镇军务与粮饷的话，那他们的权势将大大增强，到时各镇文官们怎么办？
一想到那个暗淡的前景，众人是不寒而栗。一时间，反对这个任命的人潮络绎不绝，甚至很多人还喊出极为诛心的言论：“此例一开，唐季武人祸国，藩镇割据就在眼前！”
在这种反对的浪潮下，内阁与兵部的官员们都表现出了自己的骨气，不愿意在万历皇帝发下来的圣旨上副署。这让万历皇帝大怒，他是个极为坚持的人，而且有一个脾气，如果看谁顺眼的话，便会自始至终地维护他。
当年李如松人称武将中嚣张跋扈第一人，几十年中，百官弹劾他的奏疏超过一千份，不过万历皇帝始终袒护他。不论李如松在活着还是死去，他都享尽了哀荣，眼下万历皇帝对李如松这种维护又转到了黄来福身上了，他非常相信黄来福对自己的忠诚是不会改变的。
万历皇帝放出话来，如果各部还是不肯副署自己任命旨意的话，他将利用中旨的形式直接下令，而且那六百万两日本人赔款也将考虑迟些转交给户部百官。
在万历皇帝这种威胁下，各部官员屈服了。他们现在不想与皇帝闹得这么僵，他们互相安慰道：“事情还不是那么糟，黄来福只是个异端人物，不代表整个大明武将都是这种人物！他是第一个，也是最后一个，对于他，以后有的是方法应对。”
六月十日，内阁与兵部官员副署了万历皇帝的圣旨，任命黄来福为总督山西大同两镇军务粮饷，并兼领山西镇总兵之职，还兼顾塞外屯田等事等。
这天中，兵部还发给黄来福到任勘合，还有一些御制到任须知等。
在眼下的大明，凡除授官员，都要给于到任勘合，天下各军镇，各布政司等，都编一字为号。山西是午字号。此外还有官员们的到任须知，这是明太祖时就亲自敕谕的，好让上任的百官明白一些为官之道及到任所知的。
黄来福匆匆翻了一下，光授职文册上的须知目录，就有数十条之多，到了地方上需要盘点掌控的政务，更达百条之多。显见做官这个东西，说简单也简单，说起复杂来，也是非常复杂的。
木已成舟，黄来福身为两镇总督己成事实，百官们退而求其次，就等着看黄来福的好戏了。以一武人总督两镇军务，还要兼理两镇的粮饷，这可不是个简单的事。
山西，大同这两镇中，都设有巡抚，还有各镇内各道的兵备们，紧紧地控制着地方上的军队，粮饷，仓堡，屯田等物，以往以黄来福之能，山西镇总兵之贵，也只能影响五寨堡，宁武关，神池堡等区区数堡之地，眼下两镇数百个城池堡垒，无数的文官们刁难，他忙得过来了吗？
对于黄来福，万历皇帝是寄于厚望的，放在以往时，黄来福镇守过的军堡地带，慢慢都能自给自足，不但不再需要国家拨款不说，有时还可以向上面交纳大批的税银，万历皇帝希望黄来福镇守大同镇与山西镇后，也同样能如此。
虽说眼下黄来福带回来了首批千万两的倭人赔款，然而大明库贮匮乏的情形并没有得到根本性的扭转，这笔钱并用不了多长时间。眼下大明九边军队共有八十余万人，他们一年的额饷就超过四百万两白银，还有大批的运粮，运草等等，这是国家的一个沉重的负担，有生生将大明拖垮的趋势。
加上现在很多边地文官武将以空名冒支军饷，而对部下军民多加克减，致使边民多次发生哗变，万历皇帝很担忧将来的局势，他希望边镇之事，改变能从黄来福开始。
不过万历皇帝也明白黄来福将来面对局势的困难，他赏赐了黄来福尚方宝剑与御赐金令箭，就是下面的巡抚、兵备，还有总兵，副将之等人，如果不听从他的调令，他也可以将他们先行免官收押，然后专折禀奏万历皇帝，这是个巨大的权力。
同时黄来福还请求万历皇帝许可自己在山西镇造炮，还有将总督府设在五寨堡之地，万历皇帝同意了。
对于万历皇帝对自己的信任与重用，黄来福是心下感激的，自己辛辛苦苦了这么多年，不就是为了这一天吗？同时他也是心情激奋，准备大干一场，全力施展拳脚，好好地在两镇之地，描绘心目中的蓝图。
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