该时期汗国已经四分五裂，南疆被播拉挤家族占据，东疆吐鲁番汗国自立并在名义归顺大明，瓦剌人则占据北疆东部别失八里地区。
乌外思汗打出对异教徒瓦剌人的S战的旗号，得到广大教派人士的追随。首先通过拉拢南疆各城主挤走了N朝元老播拉挤家族的忽歹达，然后北伐瓦剌人。虽然其征伐多次以失败告终，甚至被俘和被迫和亲瓦剌人，但仍然在1422年统一了吐鲁番，不久又打败了盘踞在别失八里地区的瓦剌人。
1432年乌外思汗在伊克赛湖跟帖木儿王朝战争中被自己人误射去世，他的后人为争夺汗位发生内斗，也先不花汗坐上汗位。玉努斯汗(也称羽奴思汗)率部到帖木儿帝国避难，喀什噶尔地区被帖木儿王朝将领占据。
此时，蓝帐汗国乌兹别克部在阿布里海尔时期强盛征服了白帐汗国等地区，白帐汗国俩汗率部20余万到也先不花汗避难。也先不花汗为了对抗乌兹别克部，采取了结盟哈萨克部的策略。也先不花汗时期，汗国也有短暂强盛，使得南疆各诸侯主动表示忠诚和归顺。
也先不花汗多次进军帖木儿王朝在河中北部地区，1456年玉努斯汗在帖木儿王朝的支持下东征跟也先不花汗分庭抗礼。1462年也先不花汗去世后，玉努斯汗乘机西征占据整个伊犁地区。
汗国内乱导致东察合台汗国内部东西分裂，哈萨克人占据了汗国西北部，笃思忒马黑麻逃到南疆避难，于是玉努斯汗征服吐鲁番并吞了哈密。1472年笃思忒马黑麻之子怯别二世被杀，玉努斯汗统一了整个汗国。南疆则继续分封给马黑麻·海答儿。
1479年，马黑麻·海答儿继子阿巴癿乞儿公开跟自己继父对抗，并准备派兵五万攻打喀什噶尔。马黑麻·海答儿得知后，先发制人派兵三万攻打和田地区的阿巴癿乞儿，不幸被击败。无奈之下他请求玉努斯汗，玉努斯汗亲自帅军六万骑兵，联合马黑麻海达尔的三万骑兵，总共九万骑攻打叶尔羌的阿巴癿乞儿。
联军被击败，玉努斯汗北回伊犁，马哈麻海达尔回到阿克苏，南疆南北由马黑麻·海答儿和阿巴癿乞儿分治。
玉努斯汗于公元1487年病死于塔什干，长子马哈木在塔什干继位。但是他的统治版图仅限于塔什干和塔拉斯等汗国西部地区，而内外伊犁和北疆东疆等地由其兄弟阿黑麻汗统治，南疆也名义上归顺他。
玉努斯汗死后，帖木儿王朝的乌马儿·沙黑·米儿咱和速檀·阿黑麻·米儿咱兄弟(皆为米儿咱·速檀卜撤因之子)便妄图从新汗手中夺回塔什干城。马哈木率军出击，不仅收复乌什图儿城，并且击败了乌马儿·沙黑·米儿咱的进攻。
不甘心失败的速檀·阿黑麻·米儿咱后又复率15万大军征讨塔什干城，马哈木率军迎战。速檀·阿黑麻米儿咱下辖的沙亦乩汗(月即别阿不海儿汗孙子)反叛并降附了马哈木汗，导致速檀·阿黑麻米儿咱彻底失败。
于是，在阿黑麻汗的统治下东察合台汗国强势，1487年和1493年东向攻打哈密，迫使大明撤出哈密。北方则进军瓦剌，从额尔齐斯河北部地区赶出瓦剌人。西方也进军乌兹别克-哈萨克三次并取得胜利。南向也征服阿巴癿乞儿，使其归顺。
然而1503年时，阿黑麻汗进军河中被三方联军所打败甚至被俘，回到阿克苏不久就因病去世，其长子曼苏尔继位。不久，瓦剌人乘机重新占领阿勒泰地区并南下占据了北疆东部部分地区。此后的长达半个多世纪里，吐鲁番汗国和瓦剌争夺北疆，瓦剌人从此正式进入当地并开始割据。
于是汗国由此进入三方割据状态，中间发生的各种战争布日哈图也简略介绍了一番。如此混乱的局面一直持续到嘉靖中期，当时西部地区在阿不都·拉失德汗的治理下社会稳定，经济文化都有很大进步。
1559年，阿不都·拉失德汗去世，经过一场残酷的宫廷斗争后，二子阿不都·哈林继承汗位。阿不都·哈林汗在位期间，西部地区军事实力不断稳固发展。
与此相反，由于从政能力平庸，属众不服，沙汗在东部地区的统治地位则日渐衰微。管理各地事务的家族成员不听调遣，各称雄长。1566年他北征瓦剌时死于流矢，沙汗的叔伯弟速檀马速继立为汗。
东部地区的这一变故引起西部阿不都·哈林的不满，速檀马速刚刚上台，阿不都·哈林的弟弟锁非速檀、马黑麻速檀等借口速檀马速的出身问题(非察合台后裔)，于1570年出兵攻占吐鲁番地区，俘获速檀马速，而扶立马黑麻速檀为吐鲁番地区的首领。
同年，马黑麻速檀等兄弟以吐鲁番王名义遣使北京朝贡，建立了叶尔羌汗国与大明的联系。这种局面的出现也意味着东察合台汗国东部地区自此也为阿不都·哈林治下的叶尔羌汗国所统一。
这位完成了汗国统一的阿不都·哈林在去年病死，当时布日哈图还没打那边的主意。然而到了今年，察哈尔局势危急，布日哈图思索良久，认为汉人有句话说得好：“树挪死，人挪活”，此时的察哈尔只有西迁才能获得一线生机，因此才有了后来的金蝉脱壳与大军西征土默特。
从布日哈图的本意来说，打土默特不过是顺便，他的目标打从放弃察罕浩特开始就一直都是西域。
布延黄台吉听完，这才知道布日哈图早有计划，绝非临时起意，不由得精神一振，因为“一日两败”丢失的信心也找回来不少。
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