于是九月初十之后，一支由二百余条各型战船组成的大中军海师舰队，便在温州港杨帆出海，直接借着海面上的北风，顺风南下，扑向了福州外海。
九月十九这一天，海陆两路大中军的军队都对福州的郑军发动了猛烈的进攻，郑军虽然早已预料到了这一天的到来，也做了相对充足的准备工作，在陆上和海上，都布置了相当多的兵力和船只，试图再跟大中军来一次对抗。
虽然这几个月来，郑芝龙一直在跟大中朝商谈投降的事情，可是最终问题都卡在了是否可以让郑家保留水师力量上面，郑家始终坚持，要在投顺大中朝之后，继续独掌他们的水师，可是大中朝却坚持郑家不能保留水师力量，仅能保存他们的商船船队，郑家的水军必须要纳入到大中朝海军之内，重新进行编制，这便造成了双方谈判的僵局，结果造成了谈判迟迟不能达成一致。
九月末的时候，福建战事全面展开，大中军数路人马在石冉和刘耀本等大将的率领下，分头对福州府和延平府发动了攻势。
郑家在陆上的兵力虽然到这个时候还有近十万人马，但是郑军陆师的战斗力却根本无法和大中军正面对抗，即便是他们采取据城而守的守势，但是面对着装备了大量新式大口径大炮的大中军的进攻，一座座郑军控制的城池还是迅速的被大中军攻克，大批郑军要么被大中军就地歼灭，要么就只能落荒逃窜，不少郑军眼见打不过大中军，于是一些郑家的军将便选择了投降。
结果是一个月的时间下来，石冉便率军攻至了福州城下，将福州城包围了起来，同时另一面的刘耀本所部，也顺利的攻占了延平府，兵锋直指郑家的老巢泉州府一带。
与此同时实力大增的大中军海军方面，也在海上和郑军水师在福州外海展开了一场大战，这一战刘江将麾下船队分成了两拨，他将船速较慢而且数量众多的福船、海沧船、冬船集中在一起，作为主力使用，在福州外海牵制住了郑家水军，而他采纳了荷兰船长舒曼的建议，将两条训练舰和那些蜈蚣船编成一支分舰队，先布置在远处待命。
就在郑军水师主力和大中军海师主力交手之后，双方都尽可能的想要打垮对方，而一时间谁都拿谁没有办法的时候，舒曼在得到信号之后，则率领着那支分舰队突然间杀入到了战场之中，依靠着分舰队航速快，火炮凶猛的优势，一下子便打乱了郑家水师的布置，郑军猝不及防之下，被大中军海师内外夹击，在福州外海，吃了大败仗，主帅郑芝豹眼看势头不对，立即下令撤退，结果又被大中军海军衔尾追杀，损失了几十条战船。
这一仗下来，大中军海师算是彻底打出了威风，第一次在海上实打实的取得了一场大胜，这对于大中军海军来说，无疑宣告大中军海军，已经拥有了相当的海战能力，起码已经不那么惧怕郑家的水军力量了。
而且这一战郑军惊愕的发现，居然大中军水师之中，出现了西洋人的夹板船的身影，虽然这两条夹板船并不算太大，但是却实实在在的是西洋人才有的夹板船，上面装备的火炮大大超出了郑军水师所用的广船和福船，这无疑对郑军上下的心理打击很大（在这个时代，中国人对于西方国家的大型帆船，统称为夹板船）。
他们在多年和荷兰人以及西班牙人、葡人打交道的经验，让他们知道，西方的夹板船很是厉害，船只坚固高大不说，而且上面装备了众多的火炮，和这样的西式夹板船交战，除了依靠数量上的优势之外，他们很难在海战上取得胜利。
而大中军的两条训练舰虽然还没有时下红毛人常用的那些帆船相比，可是在速度上和火力上，却已经超出了他们所用的战船许多，两条双桅快船出现在海面上之后，依靠着它们的速度优势，在郑家水师之中如入无人之境一般，率领着十余条蜈蚣船（排浆船）左冲右突，很快便打乱了郑家水军的阵型，使得郑军水师很快便陷入到了各自为战的境地之中，加上大中军水师其它战船数量也不少，使得郑军水师一下子便落在了下风，造成了他们这次的大败。
紧接着一个更坏的消息便传到了泉州郑芝龙的耳中，随着福建的战事陷入糜烂的境地中之后，广东方面的战事情况也更加糜烂，在罗汝才率军进攻之下，另一路大中军势如破竹一般的便攻入了广州府，并且在十月初的时候，一举攻克了广州城，广州大批南明守军根本就没有做过多的抵抗，在大中军兵锋之下很快便宣布了投降。
不但广州府被克，就连惠州府、潮州府、肇州府等地的南明守军也纷纷投降大中军，如此一来郑芝龙最担心的事情便出现了，随着广东大部被大中军攻下之后，郑家彻底陷入到了腹背受敌的境地之中，陆上他们可控制的地盘仅剩下了泉州府、漳州府和汀州府三地，而汀州府时下情况也岌岌可危，刘耀本麾下的一个陆军师这个时候，已经开始朝着汀州府进兵，而郑军在汀州府本来就没有多少人马，陷落仅仅是一个时间的问题罢了。
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