刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。
原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。
而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为北方海师的主要靠泊补给基地。
至于南方海师的总部则设在了宁波府，船队驻泊地则主要以舟山、温州、泉州、广州四地为主要停泊之地。
整个对军队整顿持续到天元三年年底才彻底结束，所有军队完成了整编和裁员以及换防等事务。
至于海军方面在平定海南岛之后，提出的要出兵征讨台湾，逐走霸占台湾的荷兰人之事，肖天健暂时给压了下去，原因无他，只因为随着南方诸省的平定之后，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方倾斜，尽快解决盘踞在辽东的建奴，暂时肖天健不想两线用兵，只等解决了建奴这个大麻烦之后，他才会下手解决台湾甚至于琉球国乃至是吕宋的问题。
但是虽然南方诸省永历之乱虽已平定，但是永历帝朱由榔却并未被大中军擒获，在大中军攻占云南的时候，朱由榔见势不好便在一些死忠的随扈之下，落荒逃入了缅甸，被缅甸王收留。
这件事令肖天健很是不喜，历史上朱由榔也是逃到了缅甸，可是没想到这一次他早于历史十几年的时间，却还是没有抓住朱由榔，于是肖天健着令李栓柱在平定云南之后，派兵出征缅甸，对缅甸王施压，迫使缅甸王交出朱由榔。
在天元三年底的时候，李栓柱派出了一支由两个西南军区的轻装山地师从云南出发，进入了缅甸，开始对缅甸王朝用兵，但是缅甸北方山林密布，气候条件和道路条件相当恶劣，虽然大中军入缅，但是这一场仗注定不会打的很顺利，短时间之内估计不会取得太大的成效，但是肖天健认为，这是一场不对称的作战，并不需要投入太多的战力，消耗太多的资源，迟早还是可以解决缅甸的问题的。
最起码这一次西南军区入缅作战，也要将整个缅北给纳入到大中朝的国土之中，逼迫缅甸王对大中朝俯首称臣不可，但是这样的小规模作战，他就全权交给了李栓柱负责，至于他的精力，则开始再一次放在了北方。
（今天特别鸣谢毛毛将军盆友的打赏！呵呵！）
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