肖天健在三月间也踏上了北上之路，这一次卢象升因为是总理大臣，要在后方负责主持政务，故此很遗憾的没有能跟着肖天健北上，所以这一次跟着肖天健北上的还是以李信和兵部的参谋部人员为主，一行人乘坐了十几条漕船浩浩荡荡的沿着运河朝着北京方向行去。
一路无话，肖天健一行人经过二十天的行程之后，终于抵达了北京城，而北方的军方和文官都得到了消息，罗立、王承平、刁正和现任顺天府知府张尔忠等人早已提前在通州等候迎驾了。
肖天健的座船一到通州码头，这里便鼓号齐鸣了起来，提前到达的刘耀本所部的近卫军和羽林卫早已将码头一带控制，布置下了严密的警戒线，确保肖天健一行人的安全。
肖天健登岸之后，和诸臣见面，稍作寒暄，也不在通州多停留，简单的询问了一下通州物资囤积的情况之后，便立即带着这些人赶往了北京城。
再次进入北京城，让肖天健感慨良多，眨眼间距离上一次离开这里，已经快两年多时间了，当再一次踏入这座雄伟的都城的时候，此地当年战争的遗迹已经消失不见了，那些战损的城墙以及垛口，都已经被彻底修复，虽然按照肖天健的圣谕，各地包括北京，都不能大兴土木重建或者新建城墙抑或是衙门之类的东西，只能在原有基础上修缮，而且不需追求奢华，尽量减少财政支出，但是北京毕竟已经被确定为未来的大中朝的都城，前期被各部派来准备的人员，还是尽可能的让这里恢复的好一些。
故此北京城和肖天健上次离开这里的时候，变化还是相当大的，城墙上变得干净了许多，城墙上的裂缝也被修补了起来，变得比以往更加庄严巍峨的许多。
走入城中之后，肖天健还注意到了一个情况，那就是北京城这两年变得干净了许多，原因很简单，肖天健知道历史上在这一年的下半年，北方很可能出现了大规模的鼠疫，导致了李自成轻易便取下了北京城，后来李自成的大顺军也可能大规模感染了鼠疫，所以战斗力变得十分低下，最终导致了在清军面前的溃败。
不管这件事是不是真的在历史上发生了，但是肖天健都很是重视这种可能性，这也导致了他决定推迟迁都到北京的时间。
为了避免这种大规模鼠疫的发生，肖天健从去年初开始，便派出了太医局的医官们先行来到了北方，不单单是在北京城之中，包括整个北方个各个城镇，都要求各地官员重视卫生的问题，尽可能的灭鼠，同时对多筹措生石灰不断的在城镇之中进行铺洒，另外要求城镇之中的垃圾安排人及时清理出城，以及人畜的排泄物也要想办法处理。
结果导致了北方这一年多来，许多城镇的卫生情况都发生了很大的改变，北京城作为未来的都城，更是受到了重视，城内以前垃圾遍地的情况得到了改善，变得干净了许多。
肖天健看罢这样的情况之后，放心了许多，现在北方局势提前了几年稳定下来了，流民减少，民生安定许多，这样一来，可能会发生的鼠疫情况也就很大程度上被避免，故此肖天健对太医局前期在北方的工作表示了满意。
紫禁城还是当初的摸样，肖天健并未令人对这里进行修缮，主要修缮的也只是未来城中各部要使用的衙门，但是却没有扩建，只是在原有基础上进行清理修缮和加固，所以耗费并不是很大。
紫禁城之中的大部分宫殿还是处于封闭状态，仅留下了二百多名无处可去的前朝的太监和老宫女负责在紫禁城之中进行日常维护，另外这里驻守了一个连的羽林卫负责紫禁城平时的安全，省的让蟊贼潜入城中偷走里面价值连城的宝物。
肖天健进入紫禁城，依旧还是仅开放使用了武英殿，一到这里，他便召集诸将开始查问战前的准备情况。
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